Nowoczesne biogazownie są projektowane tak, by minimalizować wydzielanie zapachów. Cały proces fermentacji odbywa się w szczelnych zbiornikach, więc na zewnątrz nie powinny wydostawać się nieprzyjemne wonie. Jeśli pojawia się problem z zapachem, to zwykle wynika on z błędnej eksploatacji albo awarii.